Passer la souris sur les accessions (EPI_ISL_#) pour afficher le laboratoire et
d'autres informations.
CoVizu est un
projet open source
permettant de visualiser la diversité mondiale des génomes du SRAS-CoV-2.
Cette page web montre deux visualisations interatives de ces données. Sur la gauche,
est affiché un
arbre phylogénétique
des relations évolutives entre les différentes
lignées du SRAS-CoV-2. Chacune
de ces lignées regroupe plusieurs milliers des génomes similaires, reliant les
épidémies qui se produisent à différents endroits;
Rambaut et al. 2020).
En cliquant sur une lignée on fait apparaître un «diagramme en
perle» au centre de la page. Sur une même ligne horizontale sont
reproupés les échantillons partageant le même génome. Les cercles
représentent les dates auxquelles le variant a été
échantillonné.
Un arbre phylogénétique est un modèle montrant comment
différentes populations ont evolué à partir de leurs ancêtres
communs. L'arbre representé ici (génére avec
TreeTime
v0.8.0) résume l'évolution des différentes
lignées de SRAS-CoV-2, qui
sont pré-définies en regroupant les virus en fonction de la similarité
de leurs génomes.
L'échelle temporelle est réprésentée en haut de l'arbre.
L'ancêtre le plus ancien (racine) est sur la gauche, les descendants les plus
récents sont sur la droite. On estime la date d'emergence en comparant les
génomes et en supposant un
taux d'evolution constant.
Pour chaque lignée on dessine un rectangle représentant l'intervalle de temps
pendant lequel la lignée a été échantillonnée,
coloré en fonction de la région dans laquelle elle a été le plus
souvent observée. Cliquez dessus pour explorer les échantillons de chaque
lignée et afficher un diagramme en perle.
On utilise un diagramme en perle pour visualiser les différents variants de
SRAS-CoV-2 d'une même
lignée, où et quand ils
ont été échantillonnés, et comment ils sont liés les uns
aux autres. Chaque objet dans le diagramme contient des informations supplémentaires
visibles en passant avec la souris.
Chaque ligne horizontale représente un variant – des virus avec
des génomes identiques. Sur une même ligne horizontale sont dessinées des perles qui indiquent quand
le variant a été échantillonné. Quand deux ou plus de variants
descendent d'un même variant qui n'a pas été directement observé,
alors la ligne est grise et ne contient aucune perle ce qui indique un variant
non-échantillonné.
La taille de la perle représente le nombre de fois que le variant a été
observé à cette date. Regouper ainsi les échantillons indentiques (en
séquence et en date) est nécessaire pour ce type d'épidemie rapide avec
des centaines de milliers de séquences, e.g., la lignée D.2 en
Australie. Les perles sont
colorées
en fonction de la région où les échantillons ont été le
plus souvent observés.
Les lignes verticales représentent les
relations d'ancestralité
entre les différentes lignes horizontales (les variants). Les relations sont
estimées via
la methode neighbor-joining
en utilisant
RapidNJ. Pour chaque lien
le champ "distance genomique" de l'info-bulle indique le nombre de différences
(mutations) entre ancêtre et descendant. Puisqu'il est difficile de reconstruire la
date exacte où ces mutations ont émergé, on a choisi d'utiliser la date où le
premier échantillon a été observé.
Puisqu'il y a un nombre considérable d'échantillons séquencés
qu'on tente ici de visualiser, on a ajouté en haut de la page une interface
permettant de faire des recherches simples.
Vous pouvez l'utiliser pour rechercher un échantillon particulier à partir de
son accession GISAID. Si vous entrez le début de l'accession, le champ proposera un
certain de nombre de possibilités (autocomplétion). Vous pouvez aussi entrer
le début d'un nom de pays, par exemple rechercher "Madaga" vous amènera
à la première lignée qui contient des échantillons de
Madagascar.
Utilisez les boutons "Précédent" et "Suivant" pour naviguer entre les
résultats de la recherche, et le bouton "Réinitialiser" pour annuler la
recherche.
